食品生产许可证办理流程不像营业执照的办理那样简单，不是只交资料办理的一个证件，而是我国对食品生产企业能够进行生产而实行的一种许可，一个准入条件，需要企业具备生产出合格产品的能力，办理食品生产许可证需要食品生产企业既具有较好的硬件基础，又要有较好的管理能力。它涉及到企业工厂的选址，工厂设计及产品工艺设计，工厂设计及产品工艺设计，环评，工厂的修建及装修，产品的标准及质量状况，购买的生产设备和实验设备，公司配备的人员数量及能力、SC申报到取证的全过程等诸多条件。
食品生产许可证办理流程：
一、工厂的选址
依据国家的相关标准，要求食品工厂的选址不得在对食品有显著污染的环境。目前各地陆陆续续要求食品企业入驻符合规划的食品工业园区。
二、工厂设计及产品工艺设计
食品工厂需要根据生产产品的特点和相关要求进行设计，既要满足食品生产的相关要求，又要满足企业各种需求。要让企业生产操作方便，节约能耗，合理利用空间，在有限的空间和时间内创造最大的价值。所以一个成功的食品企业，必定有个好的工厂设计，它是食品生产许可证办理流程里比较重要的一步。
三、环评
虽然看似食品生产许可和环评不相关，但环评可是食品生产许可证办理流程和食品企业开始修建/装修的前提条件。区域的不同，环评开始的时间也略有不同，比如：部分地方的食品企业可以先办营业执照，才办环评，再能开始动工装修；部分地方的食品企业要先办环评，才能办营业执照，才能开始装修。根据食品企业的产量和排污情况，环评分为报告书、报告表、备案表，3种类型对企业的要求和投入不同。
四、工厂的修建及装修
在食品生产许可证办理流程过程中，食品工厂的修建和装修不可小觑，其中涉及到工厂的美观、供排水、通风、照明、强弱电、吊顶、地面处理、环保、消防等。施工稍有疏忽，就可能会影响到今后的使用，即企业的产值，所以找一家专业的修建装修团队至关重要。
五、产品的标准
产品的执行标准分为：国标、行标、地标、企标，不同产品执行的标准不同。如果该产品有国标、行标、地标任意一种，只要指标符合，则可以直接采用；如果该产品有国标、行标、地标任意一种，指标如果不全，可以备案企业标准；如果没有前三种标准，则需要制定企业标准，制定的指标依据该企业产品的情况定制。
六、生产设备及实验设备
在食品生产许可证办理流程过程中，依据生产产品的工艺，及国家的相关要求配备生产设备及设施。生产设备及实验设备要与工厂的设计相匹配。实验室设备是依据该产品的出厂检测指标定的，是检测的最低要求。食品企业根据自身的能力，或实际要求，增加部分检测项目，则是实验设备也会相应增加。